Sí, sin problemas. De hecho poca cosa se le escapa a youtube. He podido subir todo tipo de formatos y contenedores como .mov, .mkv, .m2ts, .mp4, .avi... y nunca se me ha quejado. De hecho, todos los videos de mi canal o son mp4 o mkv en divxplus hd.
MKV sólo es un formato contenedor, al igual que MOV, que puede contener vídeos en una gran variedad de codecs distintos. Por ejemplo un MKV puede estar en H.264, o puede estar en MPEG4. Seguramente mientras los codecs sean soportados por Youtube, los va agarrar.
