Hace un tiempo leí que los controladores (chip) de los HDD y SSD más actuales usan un tamaño dinámico, aunque le digas uno especifico es solo virtual, de esta forma el SO (Windows vía MFT) puede ajustar el tamaño para cada archivo y optimizar el rendimiento de lectura/escritura/espacio, de forma que no vas a notar diferencia alguna pongas lo que pongas. Para unidades más antiguas, por USB, Pens, tarjetas Flash, etc. ya si afecta al rendimiento/espacio según lo que selecciones. Tamaño pequeño si vas a trabajar con muchos archivos pequeños, tamaño grande si vas a trabajar con archivos grandes. Entre 4, 8 y 16KB es lo más optimo y apenas hay diferencia de rendimiento.