Cuakquier editor de sonido sirve, y algunos tendran la opcion de PROCESAMIENTO POR LOTES para hacer lo mismo en multiples archivos. Pero a decir verdad, veo desgastante e innecesario hacer un UPGRADE de 'muestreo' bajo a un 'muestreo' alto, fuera hacer lo contrario tiene sentido [hacer un sub-muetreo o downsample].
Como sea, MediaCoder [audio/video] o AudioCoder [solo audio], arrastras los archivos a la ventana de mediacoder/audiocoder, en mediacoder vas a la pestaña VIDEO y quitas la marca de HABILITAR asi creara solo archivos de audio, en mediacoder/audiocoder vas a la pestaña AUDIO, estableces el formato de audio de salida, en ENCODER y SOURCE marca la casilla AUTO para que el software elija la mejor opcion del software de codificacion, y en la pestaña RESAMPLE estableces el valor de muestreo que quieres usar. para Mediacoder debes ir a la Pestaña CONTENEDOR para elegir el archivo de salida [MP3, AAC, M4A, etc.] en audiocoder es automatico. Pulsas el boton START y uno a uno sera remuestreado y tendras un archivo del mismo nombre + la palabra CODIFIED, o algo asi, para distinguirlo del original.
Si vas a codificar el MP3 puedes ir a la pestaña LAME-MP3 para ajustar aun mas la codificacion, si vas a usar AAC seguramente mediacoder/audiocder usen NERO ENCODER, en cuya ventana tambien puedes configurar calidad y otros ajustes.