Yo soy flasheador y un par de veces las consolas me han soltado 3LR al acabar.
No te preocupes, el flasheo no es el culpable, en mi caso el problema fue que al montar de nuevo las consolas el conector de corriente no se quedaba exactamente en su sitio.
Haz una prueba muy sencilla, enciende la consola y que salgan las 3LR, si el color de la luz de la fuente de alimentación es naranja, entonces seguramente es lo que te he dicho, para arreglarlo desmonta la consola y vuélvela a montar.
Cuando la vuelvas a montar aprieta bien los tornillos bajo la toma de corriente, y asegurate de que entran en buena posicion, que no ofrezcan mucha resistencia.
Si eso no funciona, simplemente reflashea el lector, tengo entendido que a veces da problemas aunque a mi nunca me ha sucedido.
Si nada de eso funciona, lo tienes crudo, no habría más opción que enviarla al SAT.