En principio no debería haber problemas, pero yo si los tuve (creo que en WindowsXP si no recuerdo mal), entre la integrada y una Sound Blaster Live 5.1 en su momento, no había forma de hacerla funcionar bien, a veces no iba la Sound Blaster, a veces no se escuchaba bien, a veces solo de un lado... no sé
Al deshabilitar la integrada, se acabaron los problemas.
Pero teóricamente, no debería haber problemas (de hecho hay gente que 2 tarjetas una para entrada de Audio y otra para salida de audio).