Hola, todo muy bien explicado por el compañero, yo tengo 2 HDD en la torre y lo único que hice fue conectarlo al Sata y a la corriente, encendí el pc y entré en BIOS para dar prioridad al HDD donde está el Windows 8.1 instalado para arrancar (ya estaba así pero por si acaso), y ya pude usar los 2 HDD, y realmente el segundo disco duro no te lo pilla como pen drive, windows lo pillará como un disco duro ya que eso es lo que es, incluso si conectas un disco duro externo al usb windows lo reconoce como disco duro no como pen drive; y si ves mi firma (se ve pequeña), en donde salen los discos duros, el de 250gb es IDE y está conectado a un usb mediante una caja externa y lo coge como disco duro.
Ya una vez hechas las copias o lo que quieras hacer con el HDD secundario, puedes entrar en el administrador de discos de windows (el del 8.1 es casi gemelo al del 7), y puedes formatearlo o particionarlo, pero ya como tu desees.
Un saludo.