Hola:
No creo que sea por falta de espacio, ya que el eMule desde que empiezas a descargar el archivo, te crea un .part en la carpeta Temp del directorio del emule, del tamaño de la descarga, con lo cual, "coge primero el espacio que necesita" y una vez completa la descarga, transforma ese archivo renombrándolo y lo mueve al incoming, y si fuera eso, te pondría el mensaje "Insufficent Disk space".
Has probado a cambiar de versión? Quizá sea un bug de la que estás usando ahora, actualízala o cambia a otro mod.
Yo personalmente uso el 0.41b.29 [pHoeniX 1.0 Beta 3.0], con Kademlia y me va de lujo, aunque ya hay versiones más actualizadas.