complicado. El chkdsk ha cogido estos archivos y les ha ido poniendo nombres. Si los abres con el block de notas, podras ir viendo que tipo de archivo es cada uno y le podras cambiar las extensiones a lo que toque, pero me parece que si eran programas o similares no podras recuperarlo, ya que no sabras el nombre del archivo.
Si son documentos tuyos, al cambiarles al extension, los podras abrir y volver a guardar con el nombre que toque.
Saludos!