¿Borraste ese archivo siendo usuario normal o siendo root?
Si lo borraste como root, haz lo siguiente:
1- abre un terminal (konsole, eterm, aterm, xterm, etc.)
2- pon
su
3- escribe la password de root (te la pedirá)
4- cd /home/howdy/Desktop/Papelera/
ahora vamos a vaciar el contenido de la papelera "a pelo"
5- rm -rf *
Lo de
Acceso denegado a /home/howdy/Desktop/Papelera/Ml/mldonkey-2-5-12/.depend.mingw
me suena a falta de permisos, por eso digo que si habias borrado algo como root.
Saludos