Si vas a usar WXP es mejor NTFS. Por si te interesa te pongo aquí las principales diferencias entre los dos sistemas:
FAT32 (tabla de asignación de archivos de 32 bits):
FAT32 es un sistema de archivos que se puede utilizar con la versión 2 de mantenimiento del fabricante de equipos originales de Windows 95 (versión 4.00.950B), Windows 98/2000/XP. Sin embargo, DOS, Windows 3.x, Windows NT 3.51/4.0 y versiones anteriores de Windows 95 no pueden reconocer FAT32 y, por lo tanto, no pueden arrancar desde discos o particiones FAT32 ni utilizar archivos en los mismos.
FAT32 es una versión perfeccionada del sistema de archivos FAT basado en tablas de asignación de archivos cuyas entradas tienen 32 bits en lugar de los 16 bits del sistema de archivos FAT. Como resultado, FAT32 reconoce discos y particiones de mayor tamaño (hasta 2 terabytes).
El sistema de archivos FAT32 utiliza clústeres más pequeños que el sistema de archivos FAT, dispone de registros de arranque duplicados, así como de un directorio raíz de tamaño ilimitado y puede estar ubicado en cualquier lugar del disco o de la partición.
NTFS (Sistema de archivos de nueva tecnología):
El Sistema de archivos de nueva tecnología (NTFS) sólo puede ser leído por Windows NT/2000/XP. No se recomienda utilizar NTFS en discos menores de 400 MB, ya que dedica una gran cantidad de espacio a guardar las estructuras del sistema.
La estructura central del sistema de archivos NTFS es la tabla maestra de archivos (MFT). NTFS mantiene varias copias de la porción crítica de la tabla maestra de archivos (MFT) para protegerla contra la pérdida de datos.
Al igual que FAT y FAT32, NTFS utiliza clústeres para guardar archivos de datos; sin embargo, el tamaño de clúster no depende del tamaño del disco o partición. Puede especificarse un tamaño de clúster de tan sólo 512 bytes, independientemente de si la partición tiene 500 MB o 5 GB. El uso de clústeres pequeños no sólo minimiza la cantidad de espacio de disco desperdiciado, sino que también reduce la fragmentación de los archivos, que es un estado en el que los archivos quedan divididos en varios clústeres no contiguos y cuya consecuencia es un acceso más lento a los mismos.
Gracias a su capacidad para utilizar clústeres pequeños, NTFS proporciona un buen rendimiento con unidades de gran tamaño.
Por último, el sistema de archivos NTFS también admite la anulación inmediata de sectores defectuosos (hot fixing), un proceso que detecta automáticamente los sectores defectuosos y los marca para que no sean utilizados.
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