Prueba a comprimir el audio en ogg (más calidad que mp3 en menos tamaño) y multiplexa el audio y el video con oggmux. Va de lujo y es muy rápido.
En cuanto a los reinicios... ¿qué tal anda la temperatura de tu pc? Puede que a full load (comprimiendo) se suba mucho y el ordenador se reinicie para evitar males mayores. Vigila el tema por si acaso.
Enga, un saludo.