Yo no uso Thunderbird, pero sí se lo he instalado a unas cuantas personas. En las opciones, busca Create account (deberías borrar la cuenta que ahora mismo te falla, eso no afectará en nada a los mails que tengas ya descargados en el Thunderbird. Le indicas que es una cuenta de correo. Te pide el nombre y la cuenta de correo (esos datos son los que envías en la cabecera de los correos que envíes. Indícale que usas una cuenta POP. En el nombre indicas pop.ya.com (o el que sea tu configuración). Luego introduce el login de esa cuenta (por ejemplo amarant). Luego aparece una pantalla de resumen de los datos. Así debería irte sin problemas a no ser que hayas bajado una versión nightly que haya salido mala, las versiones 0.1, 0.2 y 0.3 han funcionado sin ningún problema.
Saludos.