En el eMule, vete a Preferencias > Mostrar. Ahí desmarca la casilla 'Minimizar en el área de notificación'. Cuando aceptes verás que arriba a la derecha te aparece la X para cerrar el eMule, el botón de maximizar, el de minimizar y otro parecido a éste último. Pulsa ahí y te mandará el eMule al lado del reloj.