Hola, por supuesto que se puede recomprimir una parte, para ello abres el virtualdub, abres el avi y con las flechas de abajo y esos controles seleccionas la parte a recomprimir, la guardas, abres el video entero, te vas al mismo frame donde empezaste a recomprimir, seleccionas dsd ahi hasta el final, borras la seleccion y luego añades el recomprimio, me ha quedado un poco lioso, si tienes dudas pregunta que te lo explico mas detalladamente.
Salu2