NES y SNES usan un procesador Ricoh. El NES usa el 2A03, basado en el MOS 6502, y el SNES usa el 5A22, basado en el WDC 65C816. Este tiene un modo de emulación que se comporta como un 6502.
El 65C816 es básicamente una evolución del 6502, por lo que conserva muchas instrucciones y maneja de manera similar los registros. Puede arrancar en ese modo de emulación.
Digamos que a nivel muy básico el SNES sí puede correr muchas instrucciones de NES, pero (porque siempre hay un pero) sus sistemas de video, audio y memoria son distintos, así que no es tan simple como correr el juego.
Ten en cuenta que ambas consolas se programaban en ensamblador, así que hay que redirigir rutinas.