Con las actualizaciones de SteamOS el sistema de ficheros se lía si lo modificas y si instalas cosas con pacman (ficheros que hay en la partición del sistema pero pacman piensa que no, dependencias desaparecidas, paquetes que no se dejan instalar ni actualizar por eso...)
Yo al principio usaba un script para ejecutar cada update pero al final era un jaleo, a veces quitaban algún paquete que me hacía falta, cada vez iba descubriendo algo nuevo que tenía que cambiar... una vez se me rompió la pass del usuario deck (osea, sin poder usar sudo) y tuve que restaurar todo.
Yo te recomendaría instalar otra distro que te guste para dual boot o usar HoloISO para tener SteamOS modificable.
O igual hay una solución intermedia con docker/LXC/chroot.
