hola, yo hice una cosa parecida en mi ordenador o sea ke tenia el millenium en una particion y el xp en la otra, y formatee la primera sin afectar para ello a la segunda, lo que pasa que lo de la gestion de arranque la hago con un programa que tengo en el cd (el Hiren's.bootcd.4.2), y el programa de gestion de arranke de este cd siempre me localiza sin problemas el sistema xp, y viceversa, despues de formatear alguno de los dos, por lo ke no creo ke tengas problema despues de instalar de nuevo el 98 y despues un gestor de arranke para ke te localice el xp, de todas formas si te falla puedes utilizar el cd ke te comente que se encuentra emufacilmente.