Uf, responderte es un poco complicado. Ten en cuenta que has escrito en la sección de software libre pero éstas derivando la consulta a formas de reinstalarte el Windows...
Sin salirme de la temática de la sección, para lo que buscas usaría el gparted. Primero reduces al máximo la partición donde tienes el sistema que quieres migrar y luego pasándola al otro disco, y ya ahí te manejas con las particiones (OJO, mira tutoriales antes, no es complicado pero si nunca lo has hecho mejor ir paso a paso).
De todas formas te recomiendo que abras hilo en el subforo correspondiente, hay formas más sencillas de hacer lo que quieres usando software propietario (para que te hagas una idea es como ir a un foro vegano a preguntar cómo freír bien un filete jajajaj)
PD: ya que éstas aquí....borra esa abominación de Microsoft e instala un Ubuntu o Mint para ir metiéndote en linux leñe! Jajajaja
