Tienes que entrar en cada juego y configurar los controles, como siempre se ha hecho. Dos-Box emula un ordenador y el Sistema operativo, no hace milagros con el software que luego uses ahi.
En algunos juegos los controles se configuran desde el propio juego, y en otros desde el programa de configuracion del juego, que suele ser SETUP.EXE, pero puede tener otro nombre.
Por cierto, raro será el juego que aunque te reconozca el joystick no te obligue a usar el teclado en algún momento, aunque sea para decir que "Y" (YES) cuando le das a salir. Eran otros tiempos.
