Antes de que hagas nada, decirte que lo único que vas a conseguir es un archivo 10 o 12 veces mas pesado. Mejoras ninguna, porque la fuente que vas a utilizar para generar el flac ya está comprimida y con pérdidas.
Igualmente, la manera mas fácil de hacerlo es bajarte ffmpeg y usarlo así:
ffmpeg -i cancion.mp3 cancion.flac
Pero lo dicho, que es una perdida de tiempo y espacio en disco.
