Me imagino que no estás rulando Kodi (solo es un programa multimedia) desde dentro de Raspbian, ya que bastaría con salir de Kodi.
A mi a lo que me suena así tal como lo has descrito es que tienes ambos de forma independiente (Kodi con algún linux recortado solo para arrancar Kodi, que es lo que son por ejemplo Libreelec u OpenElec, y ya Raspbian por otro lado) y que eliges uno u otro desde algún menú de arranque al iniciar. Básicamente estaríamos hablando de dos S.O. instalados en la misma tarjeta e independientes.
Quizá yo probaría a instalar Kodi en Raspbian desde sus repositorios, y ver que tal tira.
