El formateo de bajo nivel solo es que se pasa a cero varias veces el mismo sector, un formateo normal es más que suficiente por mi parte a menos que quieras asegurar puedes pasar el Cclearn que tiene para formatear con 35 pasadas (ojo no equivocarte de disco), aunque eso puede tirarse días según el espacio del disco.
Para verificar el disco tienes programas gratuitos como: HDTune 2.55, Crystal Disk o Sentinel (muy capado).
Para versiones de pago: Sentinel es el más completo para testear el disco y también tiene para formatear el disco con 35 pasadas e incluso a la vez verificar el disco. Luego el HDTune su versión PRO también dispone de bastantes características incluidas el formateo de 35 pasadas con verificación de sectores. (Seguro hay otros programas completos que desconozco tanto de pago como gratuitos).
Yo utilizo el HDTune FREE para testear el disco, suele ser suficiente, para cosas más concretas utilizo el Sentinel PRO.