Bueno, creo que eso facilita las cosas.
El .epub es un contenedor que almacena archivos XML, HTML, etc.. (gracias a éste hilo los he descubierto, ya digo que es la primera vez hahah)
Es habitual (para navegadores web) introducir javascript en páginas html, y es lo que intenté jej. El html por si solo si funciona correctamente, pero al meterlo al contenedor .epub y leerlo, pues el lector se salta la parte javascript (mientras que el navegador web la ejecuta)