Tiene toda la pinta de que la placa y/o RAM, y/o fuente, etc... también están mal, posiblemente cuando tuviste la avería de la CPU también se estropearon otras cosas.
Llévalo a un técnico que te lo revise todo bien, o si no lo consideras rentable porque es una plataforma algo obsoleta y no ves interesante invertir en ella, ve pensando en jubilar placa, RAM y procesador como poco, y la fuente o la caja (el cableado de la misma, si cuando cascó el pendrive lo conectaste a algún puerto delantero de la torre) también podrían estar mal.
Los FX marcan mal la temperatua en idle hasta 20 y tantos o 30ºC apróximadamente (no recuerdo bien de cabeza) y que suba a 50º C cuando se le exige un poco tampoco es tanto, no lo veo una variación extrema como comentas.
Saludos.
