Es muy frecuente en backups, lo he visto muchísimo en Mega-CD y Saturn. Sobre todo en el primero y más en los que tienen las pistas en MP3 o son dumpeos (qué mal suena este palabro) antiguos, mientras que en las backups limpias de Saturn (hechas con CloneCD, p. ej.) es más infrecuente. Hay veces en las que esos chasquidos y crackeos se dan incluso en mitad de la pista, y otras en las que hay pistas directamente hechas polvo e inescuchables. Esto último es más típico de una mala grabación, con el programa inadecuado o grabadora en mal estado.
En definitiva, creo que es un problema debido a malas backups.