Puedes probar con easeUS tiene version gratuita y permite hacer clonaciones, yo lo he usado alguna vez con buenos resultados, si los usas, en opciones /ajustes avanzados en el modo clonacion tienes que marcar copiar partición por particion o algo asi, ya no me acuerdo que ponia exactamente. Espero que te funcione, es muy fácil de usar.
Un saludo.