En mi placa (Asus Maximus X Hero) hay 2 slots M.2. Tengo conectado el 960 Evo en el de abajo para que no le de todo el calor de la gráfica. Ese slot tiene 2 opciones de funcionamiento: PCIe x2 o x4; poniéndolo en x4 se desactivan los puertos sata 5 y 6, pero la gráfica sigue funcionando a x16. El slot de arriba creo que comparte lineas con la ranura PCIe_3. Es cuestión de mirar el manual de cada placa, pero aún no he visto ninguna placa que coja lineas PCIe de la CPU.
Saludos.