Lo que te ocurre es... perfectamente normal y esperable.
En primer lugar, los 6GBit/s son de la interfaz, no del disco. Que por una vía puedan pasar trenes a 300km/h no quiere decir que tú corriendo encima vayas a llegar a 300km/h. Un disco mecánico, un buen disco mecánico, ronda las velocidades de SATA1 en condiciones ideales (1.5Gigabits/s, o en unidades más mundanas, 150MB/s), es decir, en secuencial.
Un WD black como el tuyo, debería dar unos 100MB/s aproximadamente. Puedes comprobarlo con el crystaldiskmark, por ejemplo:
http://crystalmark.info/download/index-e.html (ojo con desmarcar todas las casillas que puedan traer publicidad y programas indeseados)
El problema de cualquier disco mecánico, es que esa velocidad solo se da en secuencial (es decir, leyendo/escribiendo archivos "grandes", de varias decenas de megas). La mayoría de tareas requieren acceder a muchos archivos pequeños, en este caso en un disco mecánico el cabezal está mucho más tiempo desplazándose hasta la zona del archivo que necesita leer que transfiriendo información. Por eso es posible ver tasas de transferencia de 3MB/s y el uso de disco al 100%.
Si quieres paliar un poco el problema, desfragmenta el disco. Pero eso solo hace que los archivos grandes fragmentados estén juntos, la limitación con muchos archivos pequeños seguirá ahí. A veces las actualizaciones automáticas de windows también ponen el disco a tope si tienes un mecánico.
Sobre las pantallas de carga, justo los dos juegos que has nombrado, especialmente BF, las tienen eternas. Si no puedes vivir con eso, te recomiendo cambiar el disco por un SSD, e instalarlos ahí, ganarás del orden de 10 a 1 en tiempo.
Saludos
