Poner la cuenta de msn y activar cortana tiene sus ventajas (puedes tener la notificaciones del teléfono en el PC, por ejemplo). Se puede (y se debe) usar la misma cuenta en todos los PC que tengas, si quieres tener servicios en la nube, o poder instalar las apps compradas en la tienda en cualquiera de los PC.
Si todo eso te da igual, cuenta local y a correr. No podrás usar la tienda (más allá de instalar actualizaciones de componentes Windows), pero siempre tienes los programas "de toda la vida".
Yo configuro mis PC con una cuenta local administrador, y el resto, cuentas Microsoft tipo usuario. Y la misma cuenta en todos, claro, incluido en mi teléfono.
Un saludo.