@pedrito84 Yo primeramente, como recomendacion, te diria que hagas un testeo de velocidades a todas las unidades. Despues, salvo que la diferencia sea abismal, pues te recomendaria quiza las siguientes 'directrices':
1º Si la diferencia de rendimiento entre SSD 120GB y 240GB no es enorme, usar el de 120GB para sistema, y dejar el de 240 para 'procesos criticos' (esto ya bajo tu criterio).
2º Las diferencias entre los discos de 500GB y 3TB , igual, usar ambos discos priorizando siempre el uso y velocidad de cada uno de ellos, PERO, siempre dejando espacio en ambos. Ten en cuenta que el disco de 3TB puedes usarlo para respaldar a todos los demas discos.
3º otra idea-opcion, seria dejar el disco de 500GB (siempre dependiendo de su estado y de su fiabilidad) para copias de seguridad del sistema y datos importantes, y usar el disco de 3TB para todo lo demas. Incluso si lo sacas y lo metes en una carcasa USB para separarlo, mucho mejor.
Yo, y sin tener datos reales de los discos, haria lo siguiente: SSD120GB sistema y programas - SSD240GB juegos con MUCHA carga de disco y con un tamaño importante - HDD500GB meterlo en carcasa USB y hacer backup de sistema y archivos personales y trabajos - HDD3TB para todo lo demas, juegos MUY grandes, almacenamiento vario, para guardar el Backup diario del sistema, etc.
Es una opinion PERSONAL, pero quiza te pueda servir como idea para decidirte.
