A mi, lo primero que me gustaría que me explicaras es qué entiendes por "caja silenciosa". La caja en sí no hace ruido, a menos que esté mal fabricada o diseñada (vibración). Con todo mi corazón, te recomiendo que minimices el ruido de discos, gráfica, fuente y ventiladores antes, porque es donde más lo vas a notar si quieres un equipo silencioso. Ahora bien, la elección de una caja para un equipo silencioso tiene que estar basada, en mi opinión y experiencia, en lo bueno que sea el flujo de aire para la refrigeración de los componentes internos.
La idea es que puedas mantener unas temperaturas comedidas con un flujo de aire bajo, lo cual no te será posible si la caja no está bien diseñada. Y al mismo tiempo mantener una presión positiva para minimizar polvo o negativa para minimizar temperaturas (yo prefiero, si la temperatura lo permite, presión positiva que, a la larga, menos polvo es mejor para el silencio).
Saludos.