Buenas, ¿qué tarjeta gráfica y fuente tiene el ordenador?, pienso que el siguiente paso puede ser retirar el conjunto de ventilador y procesador de la placa base, limpiarlos, volver a instalar el procesador, volver a aplicar un poco de pasta térmica y colocar de nuevo el ventilador para ver la reacción del equipo.
No conocia este mensaje de aviso pero entiendo que la placa base tan sólo informa de que un componente central ha sido modificado, no debe referirse necesariamente a que los nuevos componentes estén mal instalados, sólo parece advertir un cambio de piezas y consulta si se desea tambien modificar un apartado de la configuración Bios, aún en ese supuesto, lo único que queda por probar en principio es el procesador y tambien desconectar todos los dispositivos Sata de la placa (disco duro, lectora y unidades ópticas), dejando a la placa
Actualizar la Bios en bastantes casos es una idea útil, se ganan funcionalidades y se corrigen bugs o pequeños problemas de fábrica, lo dejaría como una opción alternativa.
Saludos