Exacto. Son dos conexiones distintas que no tienen nada que ver.
Si te refieres a que tienes SATA 2 y no 3 tampoco te preocupes. No notarás nada.
Ten en cuenta algunas cosas al instalar tu disco nuevo:
- Cambiar la configuración SATA en BIOS a AHCI. Como querrás poner Windows sobre el SSD no habrá problema. Haz el cambio antes de instalar Windows. Es decir, formateas y luego cambias el valor en BIOS y lujego instalas de nuevo.
- Desactivar la desfragmentación de disco y la indexación de archivos.
Algun otro consejo. Pero si pillas un Samsung, que es lo que conozco, lleva un programilla para configurarlo y no te tendrás que comer la cabeza. Las otras marcas también lo traen.
Lo importante es el primer punto que no te lo puede ajustar el programa y si no quieres líos tienes que hacerlo antes de instalar Windows.
Si quieres informarte Googlea un poco