Hay muchos sitios que explican como hacerlo... con buscar un tutorial básico lo explican, pero te explico a bote pronto cómo se hace:
Tienes que poner una carpeta llamada "apps" (sin las comillas) en la raíz de la tarjeta SD. Y dentro poner el emulador que te descargues, en su correspondiente carpeta, y dentro de esta el contenido que lleve la descarga. Cuando bajes cualquier emulador, llevará como mínimo 3 archivos (.dol, .xml, .png).
Cuando pongas la Wii, abre el Homebrew Channel. Te tiene que salir el emulado que hayas descargado... si no te sale nada, es porque está mirando lo que hay en el disco duro... para ello, le tienes que dar a 1 o 2 (no recuerdo bien) en el wiimote (mando wii) y elegir que mire lo que tiene en la tarjeta SD.
Es posible que si lo compraste con el disco duro, tengas ahí todas las aplicaciones... basta con ver si en la raíz del disco duro tienes una carpeta que sea "apps".
