Mmmmm, no se muy bien.
Mira en la bios a ver como tienes configurado el control de los chasis fan de 4 pines, quizá esten configurados en PWM y al conectar unos ventilador que no son PWM no rulan. Deberia dejarte configurarlos por voltaje o alguna otra opción que lo haga funcionar como si de 3 pines se tratase.