Con la facilidad con la que se corrompen las particiones en unidades usb (con quitarla una vez malamente sin extraer la unidad en el S.O. o este de algun fallo ya te la juegas) no tendría nunca cosas importante en ellos sin copias en mas sitios.
Por ahora tendras que echar mano de programas de recuperacion de archivos y cruzar los dedos que vaya encontrando y te permita copiarlos a otro disco aunque sea con el nombre mal.
Hay soluciones para recuperar la particion propiamente dicha sobre el propio pendrive como puede ser usar Testdisk (un tanto feo en modo texto) pero si tiras de su uso antes saca una copia/imagen del pendrive a archivo para en el peor caso volverlo al mal estado en el que estaba.
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