Mi caja no es el mismo modelo, pero diría que son de dimensiones parecidas.
La teoría es que si pones un ventilador en el lateral, en la parte de abajo, debes ponerlo metiendo aire para ayudar al flujo.
Pero... yo he probado de las dos maneras, y he conseguido mejores resultados con el ventilador sacando el aire. Yo la rejilla lateral la tengo justo en frente de la gráfica.
Tengo una saphire r9 290 y con unas cuantas horas dándole caña a tope, lo máximo han sido picos de 67 grados. También es verdad que no la he probado en pleno verano.
Yo de ti probaría de las dos formas a ver como consigues mejores resultados.