Es mejor, en el sentido de poderío pero no desde el punto de vista de la seguridad. Si sólo funcionas con la cuenta integrada del Administrador, cualquier programa se va a ejecutar con permisos elevados sin distinción. El UAC queda completamente fuera de juego.
Mejor es usar una cuenta de usuario normal con permisos de administrador. Ahí, toda aplicacion se va a ejecutar con permisos de usuario y, cuando una requiera elevación, el UAC te va a avisar para que le des permiso o no. Es algo más pesado pero muchísimo más seguro.
Yo, personalmente, o bien protegería la cuenta de Administrador con una contraseña fuerte, o la desactivaría, ya que no es necesaria para administrar un sistema si tienes un usuario con derechos de administrador.