Uff compañero pues si que está complicada la cosa, una mala actualización de la Bios puede joderte la placa en plan de que queda inutilizada. Yo he tenido ese mismo problema hace muy poquito, en mi caso se bloqueó el ordenador haciéndolo desde la propia Bios, pero bueno es otro cantar.
La verdad que no te puedo ayudar mucho, porque mi polaca es una Asus, el tema de los puertos Usb es uno en concreto el que tiene que ser para flasearla. En el mío si me acerco mucho a la plaquita donde se conectan todos los cables, hay un puerto que pone "Usb Bios Flashback", y también un botoncito para que cuando meta el USB lo pulse 3 segundos y a partir de ahí comienza la instalación de la Bios, que puede tardar unos minutos perfectamente.
También otro tema que no sé si será tu caso, es que al bajarte la Bios del fabricante, ese archivo lo tuve que renombrar y llamarlo de una manera especifica conforme a la placa que tengo. Por ejemplo la mía que es la Asus Maximus Hero 8 lo tenía que llamar "M8H", que son las siglas por así decirlo, y te puedo decir que un compi que me ayudo mucho en esto me comento que se debía llamar así el archivo y el por mala fortuna no vió que mi placa era la Hero 8, si no la Hero 7 y me dijo que lo llamara "M7H", y por esa tontería no me cargaba el USB y no podía flasear la Bios, menos mal que se me encendió la bombilla en el último momento y caí en este detalle y al final la pude instalar.
Después de todo este rollo, lo único que se me ocurre ayudarte es que el puerto USB es uno en concreto, el tema del nombre del archivo que no sé si será tu caso y que la instalación de la Bios puede tardar algún minuto. Mucha suerte tío.