Yo lo hice en su día para descartar un problema de fuente en un equipo que se apagaba, con una NOX pulsar y una enermax, una alimentando a placa, proce, discos y una GPU, y la otra alimentando a la otra GPU. Por funcionar funciona, pero no me parece lo más recomendable cara a seguridad (si falla algo o si no enciendes las dos a la vez por lo que sea puedes petar varias cosas de propina).
Ahora bien, por funcionar, funciona.
Como consejo personal, yo invertiría más en fuente y menos en gráficas. Vas a tener un ferrari con ruedas de bicicleta. Y encima ruedas diferentes alante y atrás si haces finalmente el apaño de las fuentes.
Saludos