Buenas noches.
Llevo unos días intentando instalar 2 windows 7 ultimate en dos discos duros diferentes en un mismo PC. Mi intención era tener uno para navegar y demás y el otro para juegos. Pero no consigo que "convivan" ambos.
En primer lugar, instalé un windows 7 en el disco duro con que inicia el PC (marcado en la Bios) y teniendo el otro disco duro desconectado. Después, desconecté el primer disco duro (que ya tenía instalado windows 7) y conecté el segundo para instalarle también el windows 7. Yo pensaba que de esta manera serviría y que solo con seleccionar en la bios de inicio (F12 en mi caso) el hd con el que arrancar, pues no habría problemas.
Sin embargo, cuando inicio con cualquiera de los discos duros, antes de entrar en windows, me sale una pantalla en negro y me dice que se debe comprobar el sistema de archivos para ver coherencias. Se puede cancelar la comprobación, pero he notado que hay carpetas que no aparecen luego y sé que deberían estar. Además, el tamaño es el que debe de ser, pero faltan cosas que no veo.
Pongo una captura de la pantalla que me sale.

¿Cómo puedo evitar esto ?
¿Cómo puedo hacer para poder tener en cada disco duro su sistema operativo propio, en este caso, windows 7?
Os agradecería todo tipo de ayuda, porque ando algo perdido.