Yo soy partidario de instalar todo desde 0, ya que muchas veces al clonar suelen dar algún problema por mala copia de algún archivo o algo.
Si tienes cosas importantes en el disco mecánico, yo antes de tirar por clonar haría una copia de seguridad de todo lo importante, y cuando tengas el SSD montado, instalar todo desde cero, tomándote tu tiempo, y dejarlo con lo que quieres realmente, hay muchas veces que instalas cosas para probar y hay archivos que se quedan ahí, ocupando sitio.