Cuando inicias el sistema, se inicia desde la BIOS, la BIOS tiene un driver generito para la grafica para que esta de imagen. La grafica por defecto tiene una frecuencia de velocidad de GPU, VRAM y los FANS que es la que oyes al principio, cuando pone NO SIGNAL, es el momento en el que Windows empieza a cargar y carga los controladores y programas cual finaliza una vez llegado al escritorio tras iniciar todos los programas de inicio automatico. Seguramente los controladores de la grafica tienen una mayor velocidad en el ventilador que la velocidad sin estos controladores y puede que empiece a subir la frecuencia por dar imagen de windows. de todas formas deberia dejarte configurar la velocidad a tu gusto o sino desde MSI Afterburn.