Habrás conectado el cable de los usb a la placa, un solo cable a un único conector. Así que si uno de los 2 usb te funciona el problema es del puerto usb directamente, no de la placa..vendrá mal, algún cable suelto lo que sea...puedes probar a abrir el frontal y a ver si ves algo.
En mi caja tb venía uno de los 2 usb 2.0 jodido, tb es cooler master casualmente...pero como uno funciona y además lleva otros 2 usb 3.0 q tb funcionan pues me conformo con 3 antes que que desmontar el pc de nuevo, rma de la caja, esperar que venga..volver a montar el pc etc etc
