La cosa es, ¿para qué la vas a usar? Porque el Arduino es ideal para conectar hardware, sensores, motores, pantallitas LCD, etc, etc. y el Raspberry Pi, aunque se le pueden conectar también muchas de esas cosas vía GPIO, está pensado más para funcionar como un ordenador (tiene Linux por debajo). De hecho, puedes conectar una a la otra fácilmente vía serie.