Si tienes sólo dos ventiladores no pasará nada por tapar los agujeros.
De todas formas es muy fácil comprobarlo: cojes una caja de cereales (o cualquier cartón fino), cinta adhesiva y tapas todos los agujeros de la caja en los que no tengas ventiladores (o por lo menos ese lateral tan hermoso).
Cierras, enciendes y pruebas. En 10 minutos y con un coste 0 (bueno, no 0 pero casi) tienes la respuesta que nadie te va a poder dar a kilómetros de distancia, y además te convences a ti mismo de si es o no buena idea.
Mi torre principal la tengo con dos ventis arriba, uno detrás y uno delante. Los agujeros de los laterales y los de abajo los tengo tapados:
https://www.dropbox.com/s/xto45sx010pkb ... 4.jpg?dl=0En el HTPC del salón algo parecido, un ventilador detrás y otro delante y el lateral tapado:
https://www.dropbox.com/s/st9kvk72b6yfw ... 9.jpg?dl=0 &
https://www.dropbox.com/s/p9qb4mc80impy ... 2.jpg?dl=0Si te convencen las temperaturas luego ya puedes sustituir el cartón por algo más discreto.