Hasta donde yo se ninguna GPU (al menos de Gama usuario) llevan Thunderbolt, ya que ninguna tiene salida de datos, solo imagen, por lo que el DisplayPort es suficiente.
Por lo que si necesitas un puerto Thunderbolt necesitarás una placa que lo tenga de serie, y en ese caso si se pueden conectar GPUs (cualquiera) mediante un par de adaptadores, aunque debido al ancho de banda del puerto, reducen su potencia.
Salu2