Mira a ver si tienes activado en el explorador de archivos de windows lo de ver archivos ocultos y tengas alguna carpeta ahí que te este ocupando ese espacio.
Hay actualizaciones de Windows que suelen instalar los temporales en los discos auxiliares, sean internos o externos, y si no tienes activado lo de ver los archivos ocultos ni te enteras de que los tienes ahi.
Recordar también que los antivirus, sobre todo el AVG guarda en cada uno de los discos que analiza una carpeta oculta con los logs y varios archivos que mete en cuarentena, por lo que voy a lo de antes, ver los archivos ocultos.
Lo que te comenta eR_cHuGkI es en el caso extremo de perdidas de datos indispensables, y hombre, un disco duro chino que marque un tamaño y sea en realidad de otro, solo lo he visto en pendrives y en tarjetas de memoria tipo SD y tal, en discos físicos es mas bien imposible de encontrar, pero no dudo de que existan, ojo.
En el caso de que quieras ver si se han borrado o algo y con lo que te he comentado de primeras no funcionara, usa una aplicación llamada Recuva, puedes recuperar archivos borrados y de discos estropeados en el que falle la lectura normal.