Bueno, piensa una cosa, entre 2 sacando y 2 metiendo, y solo 2 sacando, la diferencia seguramente sea minima, ya que al sacar, entra por otro lado el aire si o si, la diferencia de poner 2 metiendo es que tu eliges por donde va a entrar el aire.
Una vez aclarado esto, veras que no tiene porque tener una desventaja clara, ya que tiene los ventiladores que mayor impacto en la refrigeracion de la CPU provocan, el trasero y el superior.
Ya solo quedaría comparar los ventiladores de una y otras cajas(rpm, flujo, ruido).