Tendras que ir probando y descartando cosas.
-Quita la tapa lateral del pc y echa un vistazo así por encima que no haya algun cable que te este haciendo mal contacto y que este todo correcto, y de paso quita el cable sata del disco duro secundario, inicia windows y vuelve a probar no vaya ser que sea que los programas que estan instalados en el secundario te esten dando problemas debido a que no funciona bien o esta mal formateado.
- Si anteriormente tocaste algun parametro de la bios ya sea de la cpu, ram,etc entra de nuevo en la bios y deja los valores por defecto.
-Desinstala todos los drivers de la tarjeta grafica y vuelvo a instalarlos, si continuas teniendo el mismo problema, prueba con otra tarjeta grafica ( si dispones de una), para verificar que no sea problema de la grafica.
-Si haciendo lo anterior el problema continua, desconecta el cable sata del disco principal donde tienes el windows instalado, y guarda los archivos importantes que tengas en el secundario y utilizalo para instalar windows, una vez instalado empieza a testearlo, si no te da problemas de ningun tipo, puede ser que el disco principal tenga algun tipo de problema.